Entre 1989 y 1991 el Consorcio NITOGOI, realizó el predimensionamiento del tratamiento primario y secundario en la PTAR-CAÑAVERALEJO y los diseños definitivos del tratamiento primario.

El 10 de Agosto de 1997 se inició la construcción del tratamiento primario avanzado en la PTAR-CAÑAVERALEJO; a cargo del Consorcio Contratista de acuerdo con el contrato GO-505-97-ALC. EMCALI y el Consorcio Contratista iniciaron labores conjuntas de arranque y puesta en marcha el 26 de diciembre de 2002. Desde el 26 de Diciembre de 2003, EMCALI se encarga de la Operación y el Mantenimiento, a través de la Gerencia de la Unidad Estratégica de Negocio de Acueducto y Alcantarillado, particularmente, el Dpto. de Tratamiento, adscrito a la Dirección de Aguas Residuales.

Las fuentes de agua residual que aportan a la PTAR son:
El Colector Central aporta aproximadamente el 40% del caudal tratado. En su ingreso a la Planta este caudal de agua es elevado mediante 4 bombas tipo tornillo de Arquímedes con capacidad de 2m3/s cada una a una altura de 3m, para su integración con las demás fuentes de agua. El agua, previo a su ingreso a las bombas de tornillo, es pasada a través de rejas gruesas para el retiro de basuras y la protección de los equipos.

El Colector Impulsiones recoge las aguas que se bombean desde las estaciones de Navarro, Agua Blanca y Cañaveralejo y aportan cerca del 40% del caudal tratado. Y Finalmente, a partir de Diciembre del 2007, ingresa el Trasvase que es una tubería que transporta las aguas bombeadas desde la estación de Floralia. Aporta aproximadamente el 10% del caudal tratado.

Las aguas tratadas por la PTAR son descargadas al rio Cauca.